共有名義で所有している不動産を売却する場合、その共有割合で土地建物の売却代金等を按分し、それぞれ別々に税金を計算します。
自宅として使用している弟さんは居住用の特例が使えますが、お兄さんはそこに住んでいないので居住用の特例が使えません。
同じ不動産を同じ割合で所有していたとしても、使用状況によって納めるべき税金の金額は変わることになります。

なお、申告書はお兄さん、弟さんそれぞれの住所地の税務署に別々に提出します。相続税のように2人でひとつの申告書を提出するということはできません。